أثار إعفاء الأستاذ عبدالملك المخلافي من منصبه كوزير للخارجية وتعيينه مستشارا للرئيس هادي حالة من الجدل والتساؤلات لدى الشارع اليمني الذي تساءل عن طبيعة القرار وتوقيته خاصة في ظل حالة شبه الاجماع على أن المخلافي كان من ضمن أنجح وزراء الحكومة الشرعية الذين لعبوا دورا مهما في قيادة الملف السياسي في مرحلة حرجة تمر بها اليمن. في الاول من ديسمبر 2015 صدر قرار رئيس الجمهورية عبدربه منصور هادي بتعيين المخلافي وزيرا للخارجية في حكومة الكفاءات التي كان يترأسها حينها المهندس خالد بحاح، أي أن وصول المخلافي إلى منصبه كوزير خارجية لم يكن نتاجا لتحاصص أو  تقاسم حزبي وإنما جاء نتيجة كفاءته وخبرته في المجال السياسي والذي جعلته يحظى بثقة رئيس الجمهورية في مرحلة تعد الأخطر في تاريخ اليمن المعاصر، وما منحت هذه الثقة إلا لوجود تاريخ سياسي ونضالي طويل يستند عليه المخلافي قضاه في معارضة نظام صالح من داخل المدرسة الناصرية التي يعد واحدا من أبرز قياداتها. حين وصل المخلافي لقيادة وزارة الخارجية نهاية العام 2015 كانت لا تزال تعاني من ارث ثقيل يتمثل بسيطرة أتباع صالح غير المؤيدين للشرعية على معظم الهيكل الدبلوماسي في السفارات اليمنية بالخارج، ما يعني أن عملية إصلاح الهيكل الدبلوماسي لن تكون بالمهمة السهلة خاصة في ظل التحديات التي تواجهها الدولة بشكل عام وهي تقاوم الانقلابيين الذين انقلبوا عليها وعلى مؤسساتها الدستورية. كان التحدي الأبرز أمام المخلافي يتمثل بإعادة الاعتبار للخارجية اليمنية التي يقع عليها مسؤولية قيادة الجبهة السياسية المناهضة للانقلاب، ولن يكون ذلك إلا من خلال إحداث تغييرات كبيرة في الهيكل الدبلوماسي في سفارات اليمن حول العالم بما يساعد على حمل وتبني خطاب الحكومة الشرعية إلى المحافل الدولية في مواجهة الانقلاب. بدأ المخلافي بتطبيق هذا الهدف من خلال التغييرات التي أجراها في السلك الدبلوماسي التابع لوزارة الخارجية، مواجها بذلك حملات تشويه واستهداف أرادت النيل منه واعاقته عن تحقيق هذا الهدف من خلال اتهامه ورميه بالمناطقية والانحياز الحزبي، لكنه تجاهل هذه الاتهامات الزائفة ومضى في عملية الاصلاح التي شملت معظم السفارات حول العالم، وهو الأمر الذي ظهرت نتائجه في تغير مواقف معظم الدول لصالح الحكومة الشرعية بما فيها بعض الدول العظمى التي كانت متعاطفة في مواقفها مع جماعة الحوثي الانقلابية لتعلن لاحقا عن تأييدها الكامل للحكومة الشرعية ومواقفها .  وخلال قيادته لوزارة الخارجية تحمل المخلافي مسؤولية قيادة الملف السياسي للأزمة اليمنية، وقاد الوفد الحكومي المفاوض بكل اقتدار في مفاوضات جنيف والكويت، متحملا مسؤوليته الوطنية في الدفاع عن ثوابت الشعب اليمني في معركة استعادة الدولة، رافضا التنازل عن أي حق من الحقوق في نفس اللحظة التي كان يمد يده للسلام لا للاستسلام، مؤكدا حرص الحكومة الشرعية على تحقيق السلام والذهاب إلى خيار الحل السياسي الذي يستند على الحق غير المنقوص، وهو بلاشك يستند على المرجعيات الثلاث المتمثلة بالمبادرة الخليجية وآليتها التتفيذية ومخرجات مؤتمر الحوار الوطني والقرارات الأممية، وهذا هو الضامن لاستكمال مسيرة التغيير المتواصلة منذ فبراير 2011 والتي عبر عنها الشعب في ثورته السلمية ضد نظام صالح، وواصل نضاله ضد الثورة المضادة المتمثلة بانقلاب الحوثي صالح على الدولة ومؤسساتها في سبتمبر 2014م. لكن الموقف الوطني الأبرز للمخلافي والذي أزعج الكثيرين يبقى انحيازه لخيار الدولة في مواجهة الجماعات التي تريد أن تكون مليشيات مسلحة تحت عباءة الدولة أو متدثرة بعباءتها، فهذه الجماعات من وجهة نظره تعد جزءا من مليشيا الانقلاب حتى وإن حاربت الانقلابيين، وهذا الموقف المبدئي والمنطلق من الايمان بالثوابت الوطنية وفي مقدمتها الايمان بالدولة التي يناضل اليمنيون لاستعادتها ولقيمها ومبادئها المتمثلة بسلطة القانون لا يعد موقفا سياسيا بقدر ما يعد موقفا ثوريا يقف على قاعدة عدم التفريط بالمبادئ أو المهادنة أو المساومة فيها. كما كان للمخلافي موقفا حازما في مواجهة المشاريع المدمرة للوحدة الوطنية والتي تقودها المليشيات والجماعات المسلحة التي لا يمكن أن تصنع النصر أو تساهم في بناء الدولة، فالسلوك المليشياوي وبناء الدولة ضدان لا يجتمعان، والمعركة مع مليشيا الحوثي لن تنتصر فيها عقلية وسلوك المليشيات بل عقلية وسلوك الدولة . انتماء المخلافي للمبادئ لا للمصالح جعله يتحرر من الدبلوماسية السياسية في المواقف التي تفترض الدخول في كل حساب أو الخروج من كل حساب، فكان صريحا في توصيف ما جرى في عدن في يناير الماضي بأنه انقلاب من قبل عناصر انفصالية مدعومة من جهات خارجية، وبالتالي فقد طالب بفتح حوار واسع مع التحالف العربي لتصحيح بعض الإختلالات التي حدثت في العلاقة بينهما والوصول إلى الصيغة الني تتناسب مع الدور البديهي في دعم الحكومة الشرعية، لأن خطر الجماعات المسلحة التي تعمل خارج اطار الدولة والمطالبة بالانفصال لا يقل خطرا عن جماعة الانقلاب التي انقلب على الدولة ومزقت النسيج الاجتماعي لأبناء الوطن الواحد، وهو ما لا يجب أن يتكرر. أمام كل هذا وأكثر يمكن التأكيد أن المخلافي لم يخسر منصبا سياسيا أو وظيفيا بقدر ما خسرت الشرعية سياسيا محنكا ومناضلا وصاحب موقف يشهد له الخصم قبل الصديق، والتاريخ وحده حين يوثق المواقف والأحداث سيكون كفيلا بإنصاف من لم ينصفه زمانه.